Как сообщает министерство природопользования Республики Башкортостан, в регионе есть ООПТ федерального, республиканского и местного значения. Среди них: один национальный парк – «Башкирия», три заповедника – «Южно-Уральский», «Шульган-Таш» и «Башкирский», пять природных парков – «Иремель», «Кандры-Куль», «Аслы-Куль», «Мурадымовское ущелье» и «Зилим», 27 заказников и 179 памятников природы.
Во флоре национального парка «Башкирия» насчитывается 765 видов растений, включая 50 редких и находящихся под угрозой исчезновения, внесенных в Красную книгу Республики Башкортостан и Красную книгу Российской Федерации.