В 2000-м году он стал внештатным советником председателя правительства, с 2008 по 2012 годы был директором правительственного департамента экономики и финансов. Потом около года возглавлял министерство экономического развития, с 2013 по 2020 годы Белоусов был помощником президента Путина, а в январе 2020-го, после утверждения Михаила Мишустина премьер-министром, стал его первым заместителем.
Пресс-секретарь президента Дмитрий Песков сказал журналистам, что назначение Белоусова объясняется возросшими военными расходами: бюджет Министерства обороны и силового блока совсем недавно был еще в районе 3% ВВП, потом он вырос до 3,4%, а в самое последнее время до 6,7%, а в ближайшее время может достичь уровня середины 1980-х годов, когда доля расходов на силовой блок в экономике была 7,4%. «И это требует особо важных решений. Очень важно вписать экономику силового блока в экономику страны. Вписать с тем, чтобы она соответствовала динамике нынешнего момента», — сказал Песков.