В 1987 году возглавил предприятие и проработал в должности генерального директора долгие годы.
Параллельно со своей трудовой деятельностью в 2001 году Борис Сергеевич стал заведующим кафедрой технологии производства летательных аппаратов Кумертауского филиала УГАТУ. Принимал участие в производстве корабельных вертолетов Ка-27ПЛ, Ка-27ПС, Ка-28, Ка-29, Ка-31 и их модификаций, многоцелевых вертолетов Ка-26, Ка-32Т, Ка-32С, Ка-226, беспилотных самолетов Ту-143, Ту-243, самолета М-17, парашютных средств десантирования, а также аэрокосмического комплекса «Энергия-Буран». Руководил работой по продвижению авиационной техники на рынки зарубежных стран, принимал участие в крупных авиационных и специализированных выставках во многих странах.
Малышев Борис Сергеевич - автор многих научных работ. Ветеран труда. За долгие и усердные годы своей трудовой деятельности Борис Сергеевич был награжден многочисленными государственными Наградами и Почетными званиями. Являлся членом-корреспондентом Российской академии наук. Заслуженный машиностроитель РФ (1999). Действительный член Инженерной академии РБ. Кандидат технических наук, Академик Международной академии
С 2018 года являлся генеральным директором АО «Аэроэлектромаш» (г. Москва).