В 1990 году уже квалифицированным специалистом Николай вернулся в родной город Кумертау, где два года проработал начальником отдела №69 КумАПО, а в 1993 году его позвали служить в милицию. Начинал Пономарёв с должности следователя, затем его назначили начальником следственного отделения, был заместителем командира роты ППС, оперативным дежурным. На какой бы должности Николай Яковлевич ни работал, в нем всегда проявлялись самые лучшие человеческие качества: честность, смелость, мужественность, порядочность, мудрость, человечность и доброта, а офицерская честь для него – это святые слова.