В «Русском реакторе» отображены важнейшие исторические моменты: от отречения царя, революции 1917 года, распада Советского Союза и до наших дней. Символизм же фильма в том, что сам Хирург будто бы проезжает по всем этим пластам истории. Вначале он оказывается в 1917 году на станции Дно – в том месте, где был вынужден отречься от престола последний русский император Николай Второй. Затем – начало Февральской революции: стрельба из пушек, ружей, пули, пробивающие человеческие сердца. И на этом фоне герой кинокартины, сам Хирург, читает текст, специально написанный для фильма писателем Андреем Прохановым. Вторым Дном в истории страны Залдостанов называет не Вторую мировую, а время лихих девяностых. Аллегориями этого периода выступают поезд с вагонами, напоминающими гусеничное тело, и головой восставшего из ада змия, а также разрывающие страну на куски последние околовластные лидеры СССР, сидящие за вращающимся круглым столом, посреди которого возникает образ фонтана Дружбы народов. «И держит реактор удары один против натовских стран, хоть, кажется, выглядит старым, как дремлющий русский вулкан. И с нами он вместе страдает, но знайте, во веки веков, что в топке его догорают с десятки империй врагов!» – услышали с экрана зрители слова Александра Залдостанова. Последние кадры фильма вселяют надежду на обретение Россией четкого курса, восстановление заводов, научных предприятий, разрушенных в 1990-е.